物語の舞台は聖オルフェウス音楽学院。
一流の演奏家を育てることを目的とした特殊な学校（私塾のようなもの）で、プレイヤーはこの学校に中途赴任してきた教師となってヒロインである５人の美少女たちを一人前の奏者へと育てていきます。

ゲームの目的は５人を一流奏者の登竜門とされるカトレア音楽祭へ出場させ、大会で入賞させることです。そのためには彼女たちの演奏技術、音楽知識はもちろんのこと、なによりも人に感動を与える旋律を生み出す“心”を育てなくてはなりません。

五重奏では子供でも大人でもない、少女である彼女たちの揺れる“心”に着目します。
ヒロインである５人の美少女はみな、人には言えない悩みや葛藤を持っています。そしてその心の傷によって、“なぜ自分は演奏しなくてはならないのか？”という疑問が心を支配しています。

プレイヤーはそんな５人の少女たちの“心の不安”を共に解決し、無事音楽祭へ出場できるように導いていきます。